يعتبر البعض من المناهضين للماسونية وبعض المؤمنين بـنظرية المؤامرة أن المنظمة في حقيقتها عبارة عن منظمة سياسية واقتصادية عملاقة هدفها الرئيسي هو الهيمنة على العالم عن طريق السيطرة على وسائل الإعلام والاقتصاد العالمي والتغلغل في صفوف الكنيسة الكاثوليكية وحسب الموسوعة الكاثوليكية الحديثة فإن طوائف مثل المورمون وتيارات مثل الشيوعية والاشتراكية والثورة الفرنسية وحركة مصطفى كمال أتاتورك ما هي إلا تيارات تفرعت من الماسونية وتعتبر الموسوعة التيار الذي يقبل بالشذوذ الجنسي بين كبار منتسبي الكنيسة صنيعة ماسونية.
ويعتبر البعض قيام الماسونية بنشر فكرة أن الخلاص أو النجاة بالمفهوم الديني يمكن تحقيقه من خلال أعمال الفرد الحسنة فقط، تعتبر إنكاراً لجميع عقائد الديانات التوحيدية التي لها شروط أخرى للخلاص أكثر تعقيداً من مجرد كون الشخص يقوم بأعمال جيدة. وفي تشرين الثاني نوفمبر عام 1983 م صرح يوحنا بولس الثاني نصاً «لا يمكن أن تكون كاثوليكياً وماسونياً في نفس الوقت.» يعتقد البعض أن أقوى دولة علمانية وهي الولايات المتحدة مبنية أساساً على المفاهيم الماسونية إذ كان 13 ممن وقعوا على دستور الولايات المتحدة و16 من رؤساء الولايات المتحدة ماسونيين ومنهم جورج واشنطن وبنجامين فرانكلين وحسب الدكتور أسعد السحمراني أستاذ الفلسفة بجامعة بيروت فإن الشاعر إبراهيم اليازجي الذي كان ماسونياً من لبنان قد كتب القصيدة التالية في أواخر القرن الماضي:
الخير كل الخير في هدم الجوامع والكنائس
والشر كل الشرِ ما بين العمائم والقلانس
ما هم رجال الله فيكم، بل هم القوم الأبالس
يمشون بين ظهوركم تحت القلانس والطيالس
في عام 1979م أصدرت جامعة الدول العربية القرار رقم 2309 والتي نصت على (اعتبار الحركة الماسونية حركة صهيونية لأنها تعمل بإيحاء منها لتدعيم أباطيل الصهيونية وأهدافها كما أنها تساعد على تدفق الأموال على إسرائيل من أعضائها الأمر الذي يدعم اقتصادها ومجهودها الحربي ضد الدول العربية حسب بيان الجامعة). وفي 28 نوفمبر عام 1984 م أصدر الأزهر فتوى كان نصها
«أن المسلم لا يمكن أن يكون ماسونياً لأن ارتباطه بالماسونية انسلاخ تدريجي عن شعائر دينه ينتهي بصاحبه إلى الارتداد التام عن دين الله